Berandasehat.id – Tahun lalu, ahli patologi Jeffrey SoRelle, M.D., dan rekannya mengembangkan CoVarScan, tes COVID-19 cepat yang mendeteksi tanda-tanda delapan ‘titik api’ pada virus SARS-CoV-2. Kini, setelah menguji CoVarScan pada lebih dari 4.000 sampel pasien yang dikumpulkan di UT Southwestern, tim melaporkan dalam Clinical Chemistry bahwa pengujian mereka seakurat metode lain yang digunakan untuk mendiagnosis COVID-19 dan dapat berhasil membedakan antara semua varian SARS-CoV-2 saat ini.
“Dengan menggunakan tes ini, kami dapat menentukan dengan sangat cepat varian apa yang ada di komunitas dan apakah varian baru muncul,” kata Dr. SoRelle, asisten profesor patologi dan penulis senior studi dikutip dari laman MedicalXpress. “Ini juga memiliki implikasi bagi masing-masing pasien ketika kita berurusan dengan varian yang merespons perawatan secara berbeda.”
Hasil pengujian di UT Southwestern’s Once Upon a Time Human Genomics Center telah membantu para pejabat kesehatan masyarakat melacak penyebaran COVID-19 di Texas Utara dan membuat keputusan kebijakan berdasarkan prevalensi varian.
Dokter juga telah menggunakan hasilnya untuk memilih antibodi monoklonal yang lebih efektif melawan jenis tertentu yang menginfeksi pasien COVID-19 yang sakit kritis.
Sementara sejumlah tes lain untuk COVID-19 telah tersedia, tes itu umumnya mendeteksi fragmen materi genetik SARS-CoV-2 atau molekul kecil yang ditemukan di permukaan virus, dan tidak memberikan informasi untuk mengidentifikasi variannya. Selain itu, banyak peneliti khawatir bahwa tes ini tidak akurat dalam mendeteksi beberapa varian, atau mungkin melewatkan galur di masa depan.
Untuk menentukan varian COVID-19 yang menginfeksi pasien, para ilmuwan biasanya harus menggunakan sekuensing seluruh genom, yang memakan waktu dan mahal, mengandalkan peralatan dan analisis canggih untuk menguraikan seluruh urutan RNA yang terkandung dalam virus.
Pada awal 2021, Dr. SoRelle dan rekan-rekannya di UT Southwestern ingin melacak seberapa baik tes saat ini mendeteksi varian SARS-CoV-2 yang muncul. Tetapi mereka menyadari bahwa mengurutkan banyak spesimen tidak akan tepat waktu atau hemat biaya, jadi mereka merancang pengujian sendiri, bekerja di McDermott Center Next Generation Sequencing Core, bagian dari Eugene McDermott Center for Human Growth and Development yang dipimpin oleh Helen Hobbs, M.D., profesor Ilmu Penyakit Dalam dan Genetika Molekuler.
CoVarScan mengasah delapan wilayah SARS-CoV-2 yang umumnya berbeda antara varian virus. Ini mendeteksi mutasi kecil — di mana urutan blok bangunan RNA bervariasi — dan mengukur panjang daerah genetik berulang yang cenderung tumbuh dan menyusut saat virus berevolusi. Metode ini bergantung pada reaksi berantai polimerase (PCR) – teknik yang umum di sebagian besar laboratorium patologi – untuk menyalin dan mengukur RNA di delapan tempat yang diminati ini.
Untuk menguji seberapa baik CoVarScan bekerja, tim Dr. SoRelle menjalankan tes pada lebih dari 4.000 sampel usap hidung positif COVID-19 yang dikumpulkan di UT Southwestern dari April 2021 hingga Februari 2022 – dari pasien dengan dan tanpa gejala. Tes divalidasi dengan sekuensing seluruh genom standar emas, dan hasilnya digunakan oleh dokter untuk memilih perawatan pada beberapa pasien COVID-19 yang sakit kritis.
Dibandingkan dengan pengurutan seluruh genom, CoVarScan memiliki sensitivitas 96% dan spesifisitas 99%. Ini mengidentifikasi dan membedakan varian Delta, Mu, Lambda, dan Omicron dari COVID-19, termasuk versi BA.2 dari Omicron, yang dulu dikenal sebagai “stealth Omicron” (Omicron siluman) karena tidak muncul pada beberapa tes yang dirancang untuk mendeteksi hanya galur Omicron.
“Kritik umum dari tes semacam ini adalah bahwa hal itu membutuhkan penyesuaian konstan untuk varian baru, tetapi CoVarScan tidak memerlukan penyesuaian apa pun selama lebih dari satu tahun, artinya masih berkinerja sangat baik,” kata Dr. SoRelle. “Di masa depan, jika kami perlu menyesuaikannya, kami dapat dengan mudah menambahkan sebanyak 20 atau 30 hotspot tambahan untuk pengujian.”
Dr. SoRelle berencana untuk terus mengembangkan CoVarScan sebagai uji komersial dan memiliki aplikasi paten yang tertunda berdasarkan pekerjaan ini. Sebagai penemu tes PCR genotipe untuk varian, Dr. SoRelle berhak mendapatkan penghasilan dari penggunaannya.(BS)
berandasehat.id 